En 1967, le Conseil de la défense a approuvé la formation de CANEX et peu de temps après, en 1968, CANEX a vu le jour. Pendant vingt-deux ans, CANEX a été exploité par une gestion locale dont les politiques émanaient du Quartier général de la Défense nationale (QGDN).

En mars 1990, CANEX a été restructuré en organisation hiérarchique exploitant à titre d'unité de campagne du SMA(RH-Mil). Le conseil d'administration des BNP, qui dirige l'ensemble des opérations, est présidé par le chef d'état-major de la Défense et comprend des représentants de chaque commandement des FC.

Afin d'obtenir le coût le plus bas, les achats sont coordonnés par la section des Marchandises et du marketing à Ottawa, service qui offre aussi un appui dans des domaines comme les services alimentaires, les épiceries et les dépanneurs, la publicité et les promotions.